schau Dir einmal deine Artikel an, ob diese die korrekte Besteuerung eingestellt haben und welche Preise (Netto oder Brutto) du hinterlegt hast innerhalb von XENTRAL. Shopify überschreibt im Standard die Preise und auch die Besteuerung, wenn ein Auftrag zu XENTRAL reinkommt. Du kannst unter Positionen auf die einzelnen Artikel klicken und siehst dort auch die Besteuerung und den Netto bzw. Bruttopreis.
Sonst müsste man sich das einmal anschauen - aus der Ferne kann ich das nicht nachvollziehen.